Oggi la flotta Tirrenia vanta un'età media tra le più basse di tutto il Mediterraneo.

A partire dal 1999 i traghetti tradizionali hanno lasciato il posto a nuove unità con allestimenti interni tipici delle navi da crociera.

Con una cadenza di più di una nave immessa in flotta ogni anno, nuove e modernissime navi escono dai cantieri per prendere servizio sulle linee per la Sardegna e la Sicilia.

Nello stesso periodo vengono ristrutturati i traghetti della serie Strade Romane Trasformate adeguandole agli stessi standard delle nuove unità

Tra il 1999 ed il 2001 sulla linea Napoli - Palermo entrano in esercizio i nuovi traghetti gemelli Vincenzo Florio e
Raffaele Rubattino

Tra il 2001 ed il 2002 tra la Sardegna e Genova vengono messi in linea i nuovi Bithia e Janas, anch’essi gemelli e capaci di viaggiare a 30 nodi.

Nel 2003 torna in linea la nave Aurelia rinnovata , e la gemella Clodia, anch'essa ristrutturata
Sempre nel 2003 entra in esercizio la nave Athara, della stessa classe di Bithia e Janas.

Nel corso del 2004 riprende servizio anche la Nomentana, con la stessa ristrutturazione delle gemelle Aurelia e Clodia e viene immesso in linea il nuovo Nuraghes, che deriva da Bithia, Janas ed Athara ma dispone di spazio garage maggiore.
Nel 2005, infine, fa il suo ingresso in flotta lo Sharden, gemello del Nuraghes.

Nel frattempo, Adriatica di Navigazione diventa una Divisione di Tirrenia di Navigazione ed anche le unità in servizio sulla tratta internazionale per l’Albania sono sottoposte ad ammodernamento, per elevarne gli standard qualitativi a livello delle altre unità Tirrenia.